支付给软著代理机构的费用计入研发费用吗？

我公司为了申请高新企业资质，通过软著代理服务拿到软件著作权和软件的专利权(即获得相关证书)，实际工作中并没有使用相关软件，支付给代理机构的费用计入研发费用-费用化支出吗？还是资本化？

不可以。这类申请知识产权支付给代理机构的服务费不属于研发费用范畴。应直接计入管理费用，而不是讨论能否作为研发费用进行费用化或者资本化的会计处理。